Als resultaat van nieuwe rasdefinities, decimeerde het Groot Heideschaap en leefden de genen voort in een drietal gesepareerde populaties, die vanwege de afzonderlijke stamboekreglementen, de eeuwenlange onderlinge uitwisseling permanent blokkeren.
Dit alles ondanks de problematiek die kleine populaties kenmerken en als bevestigd in onderzoeken van het CGN, Universiteit Utrecht en de Universität Gießen. De waardevolle kruisingsproducten en hun nakomelingen voor de herder, gelijk het aloude Groot Heideschaap, werden buitengesloten van de reguliere fokkerij.
Gelet de aansprekende kwaliteiten, vitaliteit en het betere economische perspectief, is op voorspraak van Henk Slaghuis besloten om terug te gaan naar de oude basis om hiermee de fokkerij van het Groot Heideschaap zeker te stellen. Deze stap bleek om meerdere redenen een logische.
Tot 1960 was regelmatig sprake van onderlinge – gedocumenteerde – uitwisseling van rammen tussen de kuddes in Salland, Drenthe en Bentheim. Zo kennen drie rammenlijnen bij het Bentheimer schaap een Nederlandse oorsprong en betrokken de Sallandse kuddes dieren uit Westerbork.
Daarnaast toonde uitgebreid onderzoek aan, dat mede op basis van historisch fotomateriaal uit diverse archieven, sprake was van een homogene populatie binnen de oorsprongsregio van het Groot Heideschaap. Tegen dit perspectief blijkt dat dit type schaap in beperkte mate nog steeds voorkomt, mede dankzij recessieve kenmerken als de kenmerkende aftekening.
Om de oorspronkelijke fokbasis optimaal te benutten, is het roulatie-lijn-fokkerijsystematiek ontwikkeld dat recht doet aan een gebalanceerde genenspreiding, fokkerij op basis van vooraf bewezen dieren en inteeltminimalisatie.