Oorspronkelijk werden in de gordel lopend van Salland naar Westfalen en Nedersaksen (Nederduits spraakgebied) verschillende, maar veelal grote heideschapen gehouden, zonder dat deze specifiek als ras werden gezien. De behoefte om dieren als ras te benoemen kwam vanaf de 19e eeuw in opkomst. Salland vormde de oostgrens van het verspreidingsgebied van het Veluws heideschaap, een groot type heideschaap zonder horens en een lichte ramsneus. Mengvormen tussen dit Veluws heideschaap, het kleinere gehoornde Drents heideschaap en schapen zoals deze in het Duitse grensgebied voorkwamen, werden ook wel Brikken genoemd. Een naam die ook gold voor de gelijkende landschapen uit het gebied rond Münster en Hannover. Een andere aanwijzing is de gelijkluidende benaming van Münniken voor zowel schapen uit het gebied rond Münster (het Münsterland) als het Schoonebeeker heideschaap. Aangrenzende gebieden rondom Münster in Noordrijn-Westfalen kennen eveneens een aantal oude ongehoornde grote schapenrassen. Ten noorden het Oost-friese melkschaap, ten oosten het zeer oude Rhönschaap en ten zuiden het Leine schaap. Ofwel, tussen Salland en het Duitse gebied kwam in de 19e eeuw, maar waarschijnlijk al veel langer, een groot, ongehorend en hoogbenig heideschaap voor met een lange bewolde staart, een smalle kop met hoogstaande oren en een ramsneus met veelal een scherpe bontaftekening over het gehele lijf of specifiek aan de kop rond de ogen. De vacht was lang en harig van structuur. De lichtvosaftekening kwam voor in de overgangsgebieden met het Drents heideschaap. Schoonebeekers in deze kleur zijn vaak iets beperkter van maat en werden Ommertjes genoemd naar het gebied rond Ommen. In vergelijking tot het overwegend witte Veluwse heideschaap en het gebrilde Bentheimer schaap kent de Schoonebeeker, gelijk het Drents heideschaap, meer kleuren en aftekeningenBekend is dat rond de eeuwwisseling van 1900, schapen van het type dat we nu kennen van de Schoonebeeker of het Bentheimerschaap, werden ingekruist op het Drents heideschaap. De belangrijkste reden hiervoor was de behoefte aan een meer bevleesd, groter en vruchtbaarder schaap dan de van oorsprong wat arme en ranke Drents heideschapen voor de nieuwe landbouwgronden. De ontginning van de woeste heidegronden en de beschikbaarheid van kunstmest maakte de inzet van het schrale Drents heideschaap voor de mest niet langer noodzakelijk. Duitse bronnen melden dat de uiterlijke kenmerken van het Bentheimer schaap in 1868 werden beschreven. Ook in 1918 worden de specifieke kenmerken als de hogere bevleesdheid en vruchtbaarheid en het goede vreetvermogen gewaardeerd, waarna in 1934 het Bentheimer schaap wordt erkend. Tot aan de Tweede Wereldoorlog hebben de Schoonebeeker en de Bentheimer een goede opgang gekend. Rond 1940 waren er 15.000 dieren.
Rond de tijd dat bij de inventarisatie in 1976 de Stichting Zeldzame Huisdierrassen constateerde dat de Schoonebeeker een buitengewoon zeldzaam ras geworden was, kampte ook het Bentheimer schaap met gelijke problemen. Rond 1970 bleek dat nog drie fokkers gezamenlijk slechts 50 Bentheimer schapen hielden. Om een inteeltdepressie hoofd te kunnen bieden, werd aan het einde van de tachtiger jaren rammen van andere rassen ingekruist. Het Franse ras Causses du Lot bracht een hogere bevleesdheid en een andere wolkwaliteit. Daarnaast zijn rammen van het al in 1585 beschreven Duitse Rhönschaap en het Drents heideschaap ingezet. Van de huidige negen rammenlijnen zijn drie lijnen nog terug te voeren op Duitse lijnen. Momenteel omvat de Bentheimer populatie 2.500 dieren.
Sinds de inbreng van rasvreemde rammen is de overeenkomst tussen de altijd raszuiver gebleven Schoonebeeker en het Bentheimer schaap aanmerkelijk minder geworden. Niet alleen genetisch, maar ook qua kenmerken. Het huidige Bentheimer schaap is wat groter en zwaarder, heeft een duidelijk andere wol samenstelling en heeft in tegenstelling tot de Schoonebeeker vrijwel altijd een matig gebrilde koptekening.